[신동아방송 경인 = 김효수 기자]
국세청(청장 강민수)은 연구·인력개발비 세액공제를 부정하게 활용하는 사례를 막기 위해 매년 사후관리를 강화하고 있으며, 올해 864개 기업을 적발해 270억 원을 추징했다고 밝혔다. 이는 2021년 27억 원 대비 약 10배 증가한 수치다.
이번 조사는 연구개발 활동 없이 허위 연구소를 설립하거나, 연구개발비를 부정하게 공제받는 등의 조세회피 행위를 방지하기 위한 조치로, 국세청은 연구개발 관련 신고자료와 인터넷 정보를 종합 분석해 부당공제 혐의를 정밀 검증했다.

주요 적발 사례
1. 타인 논문 도용 및 연구개발 활동 위장
- 일부 기업이 연구개발 보고서, 연구노트 등의 증거자료를 제출했으나, 검토 결과 타인 논문을 그대로 복제하거나 수치·사진을 단순 변형해 연구개발 활동을 가장한 것으로 밝혀졌다.
- 컨설팅 업체가 연구개발 활동이 없는 기업에 연구노트를 조작해주거나, 부당공제가 적발되자 컨설팅 비용을 환불하는 등의 불법 컨설팅 사례도 확인됐다.
2. 연구원이 아닌 직원을 허위 등록하여 세액공제 신청
- 한 교육서비스 기업이 연구개발 활동을 수행하지 않은 기획, 홍보, 교육 담당 직원을 연구원으로 허위 등록한 후 연구개발비 세액공제를 신청한 사실이 적발됐다.
3. 고율 세액공제 적용을 위한 연구개발 활동 조작
- 일부 기업이 일반 연구개발(공제율 25%)을 신성장·원천기술 연구개발(공제율 40%)로 허위 신고해 15%의 세액공제를 추가로 받았다가 추징당했다.
4. 연구소 미인정 기업의 허위 자료 제출
- 연구소로 인정받지 않은 기업이 허위 서류를 제출해 세액공제를 신청했으나, 한국산업기술협회의 확인 과정에서 조작된 자료임이 밝혀져 공제가 부인됐다.
5. 연구개발 출연금을 공제 대상에 포함한 사례
- 정부로부터 연구개발 출연금을 지급받은 기업이 이를 세액공제 신청 시 제외하지 않아 과다 공제한 사례도 적발됐다.

연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도 활용 당부
국세청은 선의의 납세자가 불필요한 세금 부담 없이 연구개발 활동에 전념할 수 있도록 연구·인력개발비 세액공제 사전심사 제도를 운영하고 있다. 기업이 사전심사를 신청하면 적정 여부를 사전에 확인받을 수 있으며, 승인된 경우 신고내용 확인 대상에서 제외되거나 가산세 면제 등의 혜택을 받을 수 있다.
또한, 연구개발 수행 기업을 대상으로 온라인 설명회, 납세자 세법교실 등 교육 프로그램을 확대하고, 연구개발비 세액공제 가이드라인을 제작·배포하는 등 적극적인 지원을 이어갈 계획이다.
국세청 관계자는 “연구개발 세액공제 제도를 악용하는 불법 행위를 철저히 감시하고, 공정과세 실현을 위해 지속적으로 대응해 나갈 것”이라며 “기업들은 사전심사 제도를 활용해 불이익을 예방하길 바란다”고 당부했다.

박대영기자 dypark@sdatv.co.kr